À la rentrée 2024, 17 000 doctorants se sont inscrits en première année de thèse dans les 289 écoles doctorales accréditées, soit 3,2 % de plus que l'année précédente. Le chiffre mis en avant par le ministère est flatteur : 81 % de ces primo-inscrits disposent d'un "financement dédié" à leurs travaux, en progression de plus d'un point sur un an. Mais un taux de couverture ne dit rien de la structure des payeurs. Or c'est là que tout se joue : qui signe le chèque, pour combien de temps, et sur quel budget.
Trois caisses, et un fourre-tout de 42 %
La photographie publiée par le service statistique du ministère (SIES) en juin 2025 distingue trois origines principales. 31 % des primo-inscrits sont financés par une dotation du ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, 8 % par une convention industrielle de formation par la recherche (Cifre), et 42 % par "d'autres financements". L'Agence nationale de la recherche apparaît à part : 1 800 doctorants, soit 11 % des primo-inscrits, en hausse de 15,5 % en un an après déjà 22,3 % l'année précédente. Ces catégories ne s'additionnent pas : les contrats ANR, les bourses régionales, les financements européens et les dispositifs de partenariat se recoupent en partie.
La première caisse mérite d'être regardée de près, parce qu'elle est mal comprise. La "dotation MESR" n'est pas un chèque envoyé par un ministère à des étudiants sélectionnés à Paris. Elle arrive aux établissements sous forme de subvention pour charge de service public, et ce sont les universités et les grandes écoles qui la redistribuent. La plateforme nationale du doctorat l'écrit sans détour : les établissements "financent environ un tiers des projets doctoraux engagés chaque année sur leur subvention pour charge de service public", via des concours gérés par les écoles doctorales. Autrement dit, le premier financeur public est aussi celui qui décide, en interne, quels sujets méritent trois ans de salaire. Ce n'est pas la même chose qu'une allocation versée sur critères nationaux.
Le poste "autres financements" progresse de trois points et grimpe depuis 2022. Le SIES en donne deux composantes dynamiques : les partenariats de recherche (+28 %) et les financements de la Commission européenne (+31 %). C'est aussi le poste le plus opaque : le service statistique ne le décompose pas finement. Toute affirmation sur la part exacte de financements précaires, courts ou conditionnés à un projet dans cet ensemble relèverait de l'extrapolation. On peut seulement constater la tendance : la croissance du nombre de thèses financées se fait désormais majoritairement du côté des financements sur projet et partenariaux, pas du côté de la dotation de base.
En sciences humaines et sociales, un primo-inscrit sur deux sans financement dédié
Le taux global de 81 % masque un écart considérable. En sciences exactes et applications, 98 % des primo-inscrits sont financés ; 86 % en sciences du vivant ; 53 % en sciences humaines et sociales. Dit autrement : près d'un doctorant sur deux qui commence une thèse en SHS n'a aucun financement dédié à ses travaux.
Ce déséquilibre se prolonge dans les conditions de travail. 30 % des primo-inscrits en SHS exercent une activité rémunérée en parallèle de leur thèse, contre 13 % en sciences du vivant et 2 % en sciences exactes. Il ne s'agit pas d'un enrichissement personnel : c'est le plus souvent la condition même de la poursuite du travail de recherche, faute de contrat. Et le calendrier en porte la trace. En 2024, seuls 11 % des docteurs en SHS ont soutenu en moins de 40 mois, et 69 % ont soutenu après 52 mois. Toutes disciplines confondues, 42 % des docteurs soutiennent en moins de 40 mois.
2 300 euros brut : ce que le contrat garantit
Là où un contrat doctoral existe, il existe un socle. L'arrêté du 29 août 2016 fixant la rémunération du doctorant contractuel, modifié à plusieurs reprises, prévoit 2 300 euros brut mensuels à compter du 1er janvier 2026, soit environ 1 800 euros nets. La plateforme du doctorat chiffre la trajectoire : +30 % en six ans. Pour mémoire, la rémunération était de 1 758 euros brut avant le cycle de revalorisation entamé en 2022.
Le contrat lui-même est encadré. Le texte fondateur - nous y revenons - fixait une durée de trois ans, une prise d'effet dans l'année qui suit la première inscription en doctorat, une période d'essai possible de deux mois, et une limite aux activités complémentaires : enseignement, valorisation, expertise, pour un total ne pouvant excéder un sixième de la durée annuelle de travail effectif, la mission d'enseignement étant plafonnée à un tiers du service annuel de référence des enseignants-chercheurs.
Ce qu'il ne garantit pas
Trois angles morts, documentés.
D'abord la durée. Un contrat de trois ans peut démarrer jusqu'à un an après la première inscription : il couvre donc au mieux quatre ans de thèse. Or 69 % des docteurs en SHS soutiennent après 52 mois. Pour la majorité des docteurs de ces disciplines, le contrat est échu avant la soutenance. Le ministère lui-même rattache cette durée au domaine, pas à un choix individuel : la thèse en SHS "demeure la plus longue".
Ensuite le travail d'enseignement. Le décret de 2009 prévoyait explicitement que les heures assurées dans le cadre du contrat ne donnaient lieu "à aucune rémunération supplémentaire" ni à une réduction des obligations de service. Enseigner fait partie du service rémunéré par les 2 300 euros brut du contrat. Ce n'est pas scandaleux en soi - c'est une formation - mais cela signifie que la charge d'enseignement des départements universitaires est en partie absorbée par des salariés payés autour du smic net, sans coût supplémentaire pour l'employeur.
Enfin la nature du lien. Le contrat s'éteint de plein droit si l'inscription en doctorat n'est pas renouvelée. Et le financement ne prend pas toujours la forme d'un contrat de travail : lorsqu'il s'agit d'une bourse - fondation, collectivité, gouvernement étranger -, le doctorant n'est pas salarié de son établissement, avec ce que cela implique de différences de droits. La plateforme nationale le reconnaît : "l'employeur du doctorant n'est pas toujours le financeur", et l'établissement d'inscription n'est ni l'un ni l'autre. Trois rôles, trois acteurs possibles, et un seul contrat.
Il existe pourtant un garde-fou théorique. Avant toute inscription en première année, la direction de l'école doctorale "vérifie que les conditions scientifiques, matérielles et financières sont réunies". Dans les faits, 19 % des primo-inscrits passent sans financement dédié, et 47 % en SHS. Le contrôle existe ; il ne produit pas la couverture.
La base légale a changé, presque personne ne l'a relevé
Le contrat doctoral est presque toujours présenté comme régi par le décret n° 2009-464 du 23 avril 2009. Ce décret a été abrogé par le décret n° 2023-1321 du 27 décembre 2023, en son article 9, avec effet au 1er janvier 2024. Le régime a été recodifié à droit constant : la durée de trois ans, la prise d'effet dans l'année suivant la première inscription, la période d'essai de deux mois, les plafonds d'activités complémentaires ont été repris dans la partie réglementaire du code. La substance n'a pas bougé ; la référence, si.
L'écart entre la réalité juridique et sa représentation habituelle n'est pas anecdotique. Il signifie que le contrat doctoral relève désormais du droit commun codifié, et non plus d'un texte spécifique facilement identifiable par les doctorants qui cherchent à faire valoir leurs droits. Pour un contrat dont les clauses - fin de plein droit, absence de rémunération des enseignements, plafonds d'activités - sont peu favorables au salarié, la lisibilité du texte applicable n'est pas un détail.
Qui paie, au bout du compte
Le contribuable d'abord : la dotation ministérielle, mais aussi le crédit d'impôt recherche et le crédit d'impôt collection, que la plateforme gouvernementale cite explicitement parmi les outils de financement des thèses, et le mécénat. Sur ce dernier point, le dispositif est généreux : pour un salarié mis à disposition afin de préparer une thèse, la réduction d'impôt atteint 60 % du salaire chargé, jusqu'à 17 300 euros par an. L'État supporte donc 60 % du salaire chargé, l'entreprise mécène le reste.
Les entreprises ensuite, via la Cifre - dont le coût réel pour une PME est estimé par la plateforme à environ 33 000 euros par an pendant trois ans, subvention d'État et crédit d'impôt recherche déduits. Les collectivités territoriales aussi, dont les financements alimentent le poste "autres".
Et le doctorant lui-même. Par son travail d'appoint en SHS, par ses heures d'enseignement non majorées, par les mois - parfois les années - qu'il finance après l'expiration de son contrat.
Faut-il y voir un recul du financement public ? Pas mécaniquement. La part de la dotation MESR baisse d'un point, à 31 %, mais le nombre total de primo-inscrits augmente de 3,2 % : en volume, le nombre de contrats sur dotation ministérielle est à peu près stable d'une année sur l'autre. Le recul est relatif, pas absolu. Et la tendance longue est inverse : la part des doctorants financés est passée d'environ 50 % à 80 % en vingt ans. La diversification a des vertus réelles - elle a ouvert des thèses à des partenaires que la seule dotation n'aurait jamais financés, et les docteurs Cifre s'insèrent vite.
Mais la variable qui compte pour un doctorant n'est pas le nombre de thèses financées : c'est la durée et la continuité de ce financement. Sur ce point, les chiffres du SIES disent l'essentiel. Le financement des thèses en France repose sur trois piliers inégaux : le plus dynamique est le moins documenté, et la fragilité la plus lourde - l'absence de tout financement dédié - reste concentrée sur les mêmes disciplines, année après année.
