Depuis plusieurs années, les chercheurs en biologie moléculaire ont démontré que l'action d'une protéine est intimement liée à sa forme en trois dimensions. L'étude de cette structure est essentielle pour comprendre de nombreuses pathologies.
L'état actuel des connaissances nous apprend que de nombreuses maladies, génétiques ou non, se traduisent par des anomalies dans la forme des protéines. L'exemple le plus célèbre est le prion, responsable de la tremblante du mouton, de la maladie de la vache folle et de la maladie de Creutzfeldt-Jakob. D'autres exemples de maladies impliquant une mauvaise conformation des protéines sont la maladie d'Alzheimer et de nombreux cancers.
Il est donc crucial, connaissant la formule chimique d'une protéine, de connaître également les différentes formes qu'elle peut prendre en se repliant. Ce processus peut déterminer son caractère « normal » ou « anormal », inoffensif ou pathogène.
Folding@home : la simulation au service de la recherche médicale
Ce repliement étant trop rapide pour être observé « in vivo », une équipe de recherche de l'Université de Stanford, animée par le professeur Vijay Pande — le Pande Group — a décidé d'avoir recours à la simulation informatique pour remédier à cette impossibilité. C'est ainsi qu'est né le projet Folding@home.
Cette simulation nécessite cependant une énorme puissance de calcul, représentant un investissement financier hors de portée de la plupart des services de recherche universitaires.
Comment participer au calcul distribué ?
En s'inspirant du modèle adopté par l'Université de Berkeley pour le projet Seti@home, le Pande Group fait appel à la technique du calcul distribué. Celle-ci consiste à « découper » en petites unités indépendantes les calculs à effectuer, pour les répartir entre de très nombreux ordinateurs personnels (Mac ou PC).
Pour obtenir la puissance de calcul nécessaire à un avancement rapide des recherches, le Pande Group fait appel, dans le monde entier, aux propriétaires d'ordinateurs personnels disposant d'une connexion à Internet pour offrir au projet la puissance inutilisée de leurs machines.
En effet, sur un plan statistique, on peut constater que près de 95 % de la puissance des ordinateurs personnels est inemployée. En clair, nos ordinateurs passent 95 % de leur temps à attendre que nous leur fassions exécuter une tâche, laquelle ne requiert que rarement la totalité de la puissance disponible.
Comment installer le client Folding@home ?
Pour participer à ce projet, il suffit de télécharger depuis le site de l'Université de Stanford un logiciel appelé « client ». Une fois installé et configuré, il va appeler un serveur de Folding@home, charger une unité de travail (WU), effectuer les calculs, renvoyer les résultats au serveur, charger une nouvelle unité, et ainsi de suite, aussi longtemps que vous souhaiterez contribuer à ce projet scientifique.
À l'heure actuelle, près de 90 000 ordinateurs calculent pour Folding@home.
Questions fréquentes sur Folding@home
Le logiciel va-t-il ralentir mon ordinateur ?
La réponse est NON !
Les systèmes d'exploitation sont capables d'attribuer des niveaux de priorité différents selon les applications. Le client Folding@home est programmé pour adopter le niveau de plus basse priorité.
En clair, dès que votre utilisation de l'ordinateur requiert de la puissance, le client Folding@home la libère au fur et à mesure, et la reprend dès que vous n'en avez plus besoin.
Qui profite des résultats du projet ?
En contrepartie du bénévolat des participants au projet, l'Université de Stanford s'est engagée sur deux points essentiels :
- aucun brevet ne sera déposé sur les résultats obtenus par le projet ;
- tous les résultats sont disponibles gratuitement pour les chercheurs du monde entier.
Des résultats scientifiques validés
Des résultats du Pande Group ont déjà été publiés dans la revue scientifique Nature, et repris dans la presse américaine. Quelques traductions ont été réalisées par des membres de l'Alliance Francophone dans ce dossier de presse.
L'article paru dans Nature fait état, en particulier, de la conformité des résultats obtenus par la simulation avec ceux obtenus par l'expérimentation directe en laboratoire par des équipes indépendantes du Pande Group. Ce qui valide définitivement la méthode employée par le projet Folding@home.
Pour aller plus loin
Pour en savoir davantage sur le projet, l'installation du programme, ou poser toutes vos questions, rendez-vous sur le site de l'Alliance Francophone, qui rassemble plus de 2 700 participants francophones dont près de 1 250 actifs.
Si vous avez des questions, des difficultés, l'envie de vous informer sur l'actualité du projet, ou tout simplement de papoter, nous avons un Forum très vivant où nous vous accueillerons avec plaisir et humour.
Alors n'hésitez plus : rejoignez l'Alliance Francophone !
