Le royaume de Nobatia : du nord de la Nubie à la christianisation
Le moins mal connu est peut-être celui du nord qui s'étendait entre la première et la troisième cataracte. Ce royaume des Nobates, appelé plus tard « Nobatia », avait son centre dans la région de Wadi Halfa (2ème cataracte) où ont été découverts d'ailleurs des trésors royaux qui ont échappé miraculeusement aux trafiquants et aux voleurs de tombeaux qui sévissent en ces lieux, plus précisément dans les environs immédiats de Ballana et de Qustul.
Une riche orfèvrerie de technique byzantine montre des thèmes ornementaux d'inspiration égyptienne et très proches de ceux de Méroë ou Nagga. Ces Nobates avaient été influencés par les Méroïtiques et ce, avant de s'établir en Nubie. D'autre part, ils étaient connus pour leur fidélité au culte d'Isis.
La christianisation des Nobates sous l'empereur Justinien
Au 6ème siècle, lorsque le paganisme était définitivement vaincu en Égypte, ils étaient encore autorisés à emporter tous les ans de l'île de Philae la statue d'Isis pour lui faire rendre oracle dans leur propre pays pendant quelques jours. C'est seulement en 553 que l'empereur Justinien envoya son général Narsès avec pour mission de détruire le temple d'Isis à Philae, d'emprisonner les prêtres et d'emporter enfin les statues à Constantinople.
Dix années auparavant, donc en 543, il avait envoyé des missionnaires chrétiens orthodoxes chez les Nobates. Néanmoins, sa femme Théodora, qui elle était monophysite, avait expédié à son tour le moine monophysite Julien qui réussira à prendre de vitesse son collègue orthodoxe et à convertir le roi des Nobates, le fameux Silko. Ce dernier transférera plus tard sa capitale de Ballana à Faras et se proclamera roi des Nubiens et de tous les Éthiopiens.
Le royaume de Makura : entre Dongola et Darfour
Le royaume de Makura, centré dans le Dongola entre la troisième et la quatrième cataracte, est malheureusement plus mal connu que celui de Nobatia. Sa capitale était à Old Dongola tout près de la vallée fossile du Wadi el-Milk qui constitue une grande voie de communication vers le Darfour (ouest de l'actuel Soudan) et les régions du Tchad. En 550, Makura fut convertie par les missionnaires orthodoxes qui avaient été évincés de Nobatia par le monophysite Julien.
L'héritage chrétien et les influences orientales en Nubie
Au sud de la 5ème cataracte, les trois royaumes créés sur les débris du royaume de Méroë étaient tous de confession chrétienne. Ils ont été évangélisés par des missionnaires byzantins et non égyptiens. En effet, ils employaient le grec et non la langue copte comme langue liturgique et pour les inscriptions funéraires. Le christianisme nubien devait admirablement prospérer les siècles suivants et survivre jusqu'en 1336 à Dongola et 1504 à Soba.
À côté de ces influences septentrionales byzantines, des influences orientales (arabes, juives et perses) parvenaient dans la région des cataractes en cette fin du 6ème siècle, des influences dues en grande partie (pour les Arabes) à l'appauvrissement qui régnait dans les royaumes du Yémen (sud-arabique), entraînant même une forte émigration vers le continent africain. Poursuivis vers l'ouest, ces mouvements de populations dans les siècles suivants expliquent ainsi les traditions de plusieurs peuples attribuées aux immigrants du Yémen.
