Sous le règne de Séthi Ier (1318-1298), l'Égypte connaîtra les convoitises de ses voisins. C'est ainsi que des Mechouch et des Lebou, des tribus berbères, feront à leur tour leur entrée dans cette région prospère.
L'avènement de Ramsès II (1298-1235) donnera lieu à un durcissement envers les nouveaux arrivants perçus comme des occupants indésirables. Afin de les chasser, un impôt important leur sera imposé. Cela entraînera une alliance entre les Lebou et les Chardanes, peuple de l'île de Crète qui s'adonnait à la piraterie. Des villes fortifiées seront occupées. L'une d'elles, Mineptah, le sera durant onze longues années (1235-1224). Les Berbères affronteront dans une longue bataille le 30ème fils de Ramsès II au nord-ouest de Memphis. C'est sous le règne de Ramsès III (1198-1166) que les Berbères seront défaits. Toutefois, ils continueront de procéder à des infiltrations.
À la mort de Ramsès III, ils s'engageront comme mercenaires dans les rangs de l'armée pharaonique aux côtés de l'Égypte du Nord (capitale : Tanis). L'Égypte du Sud (capitale : Thèbes), dirigée par le grand prêtre d'Amon, fera l'objet d'incessantes attaques des mercenaires berbères. Ces derniers garderont leurs noms certes, mais n'hésiteront pas à se donner des prénoms égyptiens. Ils désignaient leur chef par « Mas » et portaient, pour se distinguer, deux plumes qu'ils attachaient à leurs cheveux, à la manière des Amérindiens. L'un d'eux, Chachnaq, prendra en 950 la titulature royale égyptienne en mariant son fils Osorkon à la fille du pharaon défunt, Psousennès. Afin de pacifier le Sud, qui était indépendant depuis 1085, il nommera un de ses fils prêtre d'Amon.
En 929, il montera une expédition contre Jérusalem qu'il pillera. Il s'emparera des trésors du Temple de Salomon et des boucliers d'or que ce dernier avait confectionnés. Il enverra son butin en Berbérie centrale (actuelle Algérie) qu'il cachera. Cet avènement engendrera le règne de deux dynasties berbères durant plus de 200 ans (950-715). Les rapports entretenus par les deux royaumes égyptiens (Koush et Thèbes) seront d'ordre religieux, d'inspiration judaïque. Le royaume de Koush (capitale : Napata), indépendant depuis 920, était dirigé par une dynastie soudanaise.
En 780, le prince soudanais Kachta forcera l'adoratrice d'Amon, fille d'Osorkon III (un pharaon d'origine Lébou donc berbère), à adopter sa fille, Amenirdès.
En 730, Piankhi gouvernera Thèbes par l'intermédiaire de sa sœur, étendant son pouvoir jusqu'à Hérakléopolis, une ville située au sud du Fayoum qui était le centre du royaume de Chachnaq. Ce dernier sera remplacé par son fils Tefnakhth qui règnera à Saïs au nord-ouest de l'Égypte, fondant ainsi la 24ème dynastie berbère pharaonique en 720. Il abdiquera toutefois peu de temps après, laissant son trône à Bocchoris, qui sera condamné au bûcher en 715 par Chabaka, le frère de Piankhi.
Le règne berbère s'achèvera ainsi. Les Libyens se retireront à l'ouest et formeront une principauté à Siwa, une oasis située près de la frontière égypto-libyenne, habitée par des Berbères qui parlent toujours leur langue. Siwa délimitera dorénavant le vaste pays amazigh.
