
L'album Dangerous et la polémique du clip
« Dangerous » sort donc en 1991. Pour la toute première fois, Quincy Jones n'est pas aux commandes. L'album arrive accompagné du clip monumental de « Black or White », qui utilise les nouvelles techniques de déformation des corps popularisées par Terminator 2. Michael est en grande forme et la vidéo superbe... Hélas ! Plus de 500 millions de téléspectateurs seront choqués en découvrant la seconde partie du clip, où Michael effectue des gestes s'apparentant à une « auto-gratification ». Sa main, qu'il rapproche souvent de sa braguette, choque encore davantage le public. Dès le lendemain, Michael s'excuse et explique qu'il ne voulait en aucun cas heurter les foules. Quoi qu'il en soit, l'album se vend encore mieux grâce à cet écho médiatique. Il s'écoule ainsi à 26 millions d'exemplaires dans le monde, ce qui constitue une nouvelle réussite majeure pour l'artiste.
La fondation Heal The World et la tournée
En 1992, Michael fonde son association « Heal The World ». Pour la financer, en plus de ses dons personnels, il part à nouveau en tournée avec le « Dangerous Tour ».

Le procès de 1993 et la maladie de peau
Michael se soumet donc aux investigations de la justice. Des photographies de ses organes génitaux sont effectuées. Preuve est également faite durant cette procédure que Michael souffre d'une maladie de dépigmentation de la peau : le vitiligo.
En effet, les photos prises à cette période attestent clairement des débuts de cette maladie. Après plusieurs mois de tensions, l'affaire se règle à l'amiable : des millions de dollars sont versés à la famille, qui retire alors ses accusations. Ce geste restera l'un des plus énigmatiques pour quelqu'un souhaitant prouver son innocence. Michael expliquera par la suite qu'il ne pouvait plus supporter ces accusations fausses et qu'il voulait en finir une bonne fois pour toutes. Michael est blanchi, mais le doute persistera pendant plusieurs années, pénalisant profondément la carrière du chanteur. Aujourd'hui, bien que d'anciennes accusations resurgissent parfois, soyez assurés : je suis totalement certain de l'innocence de Michael.

La carrière de Michael continue, bien que sa vie personnelle la mette à mal sans cesse.

Par ailleurs, la dernière édition du Livre des Records 1995 indique les chiffres de vente définitifs des trois albums précédents :
- « Thriller » : 47 000 000 d'albums vendus
- « Bad » : 25 500 000 d'albums vendus
- « Dangerous » : 26 500 000 d'albums vendus.
Le History Tour et les inédits
En 1996, Michael repart en tournée alors que son album est classé numéro 1 dans le monde entier. Le « History Tour » débute et s'achève en 1997. Les fans sont surpris, car la même année sort un coffret contenant des inédits et le film Ghosts. De plus, paraît un nouvel album contenant des remix et plusieurs titres inédits : « Blood On The Dance Floor : HIStory in the Mix ».

Le conflit avec Sony et l'album Invincible
Hélas, la promotion de l'album est brutalement stoppée. Un conflit éclate avec Sony, qui souhaiterait récupérer le catalogue musical de Michael, contenant des chansons des Beatles et estimé à plusieurs millions de dollars. Un seul single sera véritablement extrait de cet album : « You Rock My World », accompagné de deux clips, dont un où Michael n'apparaît pas. L'album ne connaît pas le succès escompté, même s'il est vendu à plus de 10 millions d'exemplaires dans le monde (un score jugé modeste pour le « Roi de la Pop » à l'échelle de son previous work).
Après de nombreuses apparitions publiques durant deux ans, sort le documentaire « Living With Michael Jackson » filmé par le journaliste Martin Bashir. Le documentaire s'avère peu objectif et Michael riposte en diffusant les images de la « vraie » version des faits.

Les nouvelles accusations de 2003
Le jour même de cette sortie, c'est à nouveau le drame : Michael est de nouveau accusé d'abus sexuels sur mineur. Michael, qui se trouve à Las Vegas à ce moment-là, se rend alors en Californie grâce à son jet privé. Il déclare vouloir se soumettre à la justice de son pays et ne pas « étouffer » l'affaire comme cela avait pu être le cas en 1993.
En juin 2005, Michael est innocenté des accusations d'abus sur mineur. Il remercie alors la police californienne pour son travail (les investigations ayant prouvé que les accusations étaient non fondées).
L'innocence de Michael apparaît de plus en plus claire aux yeux du public. Même si Michael a dû batailler juridiquement, il a prouvé son innocence devant un tribunal.
L'avenir de Michael Jackson
Toujours en 2005, on apprend la sortie prochaine d'un Box Set pouvant comprendre de nouvelles chansons inédites. Les rumeurs vont bon train concernant le contenu de cet album puisque la « tracklist » n'a pas été communiquée pour le moment.
Enfin, petit à petit, Michael reprend souffle. Sa carrière artistique devrait enfin revoir le jour après tant d'années d'absence.
À quand le futur come-back qui pourrait tout casser ? Pas avant la fin de cette période trouble en tout cas...