Le père d'Edward et Alphonse est parti du foyer lorsqu'ils étaient encore des enfants, et leur mère vient de mourir. Désemparés, les deux frères se plongent dans l'étude de l'alchimie en espérant trouver le moyen de la faire ressusciter. Mais seuls, ils ne comprennent pas toutes les subtilités de cette science. Ils demandent alors à Izumi, une jeune alchimiste, de leur enseigner son art.
Après leur apprentissage, ces deux téméraires sont bien décidés à faire revenir leur mère à la vie. Mais le principe de base de l'alchimie est l'« échange équivalent » : si l'on veut quelque chose, on doit en payer le prix, car on n'obtient rien sans rien. Ainsi, pour avoir bravé l'interdit, Alphonse perd tout son corps et Edward sa jambe gauche... Prêt à tout pour sauver son frère, Ed attache l'âme de celui-ci à une grande armure qui se trouvait là. C'est suite à ces événements qu'ils se mettent en quête de la légendaire pierre philosophale pour retrouver leurs corps d'origine.
Edward et Alphonse, alchimistes d'État
Pour obtenir les privilèges réservés aux alchimistes d'État, Edward décide de se mettre au service de l'armée. Après avoir brillamment réussi l'examen d'entrée, il part en voyage à travers le pays pour trouver des informations sur la pierre philosophale. Sur sa route, il croisera de sombres personnages nommés homonculus, qui représentent chacun un des 7 péchés capitaux. En fouillant dans le passé de l'armée, il découvrira des secrets militaires et des complots datant de bien avant le conflit d'Ishbal, pourtant toujours d'actualité et impliquant les plus hautes instances de l'armée...
Scar, le survivant d'Ishbal
Ancien habitant d'Ishbal, ce peuple qui vivait dans le désert et a été presque entièrement exterminé par l'armée. La particularité de ce peuple ? Des yeux rouges et une peau basanée. Les Ishbalans croient en un dieu unique nommé Ishbala et pensent que l'alchimie est une perversion de ce que Dieu a donné aux hommes. Scar s'est donné pour mission d'éliminer tous les alchimistes d'État.
Les homonculus : les ennemis des frères Elric
Ce sont des humains artificiels créés de toutes pièces. Chacun possède un pouvoir particulier, mais ils sont incapables d'utiliser l'alchimie. Eux aussi cherchent la pierre philosophale et manipulent les personnes susceptibles de la trouver pour eux.
Winry, l'amie d'enfance
Amie d'enfance des deux frères, ils ont vécu ensemble dans le même village. Ses parents ont été tués durant la guerre d'Ishbal. Excellente mécanicienne, elle s'occupe des prothèses en métal d'Edward, les automails.
